mothur v.1.39.5 Last updated: 3/20/2017 by Patrick D. Schloss Department of Microbiology & Immunology University of Michigan http://www.mothur.org When using, please cite: Schloss, P.D., et al., Introducing mothur: Open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities. Appl Environ Microbiol, 2009. 75(23):7537-41. Distributed under the GNU General Public License Type 'help()' for information on the commands that are available For questions and analysis support, please visit our forum at https://www.mothur.org/forum Type 'quit()' to exit program mothur > filter.seqs(fasta=fasta.dat,vertical=true,trump=.,soft=0,processors=6) Using 6 processors. Creating Filter... 100 100 100 100 100 200 200 100 200 200 300 300 200 400 300 300 200 400 500 400 400 300 600 500 300 500 500 700 600 400 800 400 600 600 700 900 500 700 700 800 1000 500 1100 800 800 900 600 1200 600 900 900 1000 1300 700 1000 1100 1000 1400 700 1200 1500 1100 1100 800 1300 800 1600 1200 1200 1400 900 1700 1500 900 1300 1300 1600 1800 1400 1400 1000 1700 1000 1900 1500 1800 1500 1100 2000 1900 1100 1600 1600 2000 2100 1700 1200 1700 2100 1200 2200 2200 1800 1800 2300 1300 2300 1300 1900 1900 2400 2400 2000 1400 2000 2500 1400 2500 2600 2100 2100 2600 1500 2700 1500 2200 2200 2800 2700 1600 2900 2300 2300 1600 2800 3000 2400 2400 2900 1700 3100 1700 2500 3200 2500 3000 1800 3300 1800 2600 2600 3100 3400 2700 2700 3200 1900 3500 1900 3600 2800 2800 3300 2000 3700 2000 2900 3400 2900 3800 2100 3500 3000 3000 3900 2100 4000 3600 3100 3100 2200 4100 2200 3700 3200 3200 4200 2300 2300 4300 3300 3300 3800 4400 2400 3400 3400 3900 2400 4500 2500 3500 4600 3500 2500 4000 4700 3600 2600 3600 2600 4800 4100 2700 3700 3700 4900 2700 2800 4200 5000 3800 3800 2900 2800 5100 4300 3000 3900 2900 5200 3100 3900 5300 4400 3000 3200 5400 4000 4000 3300 3100 5500 4500 3400 5600 3200 4100 3500 4100 5700 3600 4600 4200 3300 3700 4200 5800 4700 3800 3400 4300 4300 3900 4800 5900 3500 4400 4000 4900 4400 4100 4500 3600 6000 5000 4200 4500 4600 3700 4300 5100 6100 4400 4700 3800 5200 4600 4500 4800 6200 4600 5300 3900 4700 4700 4900 5400 4000 6300 4800 5000 4800 5500 4900 4100 6400 5100 5000 5600 4200 4900 5100 5200 5700 6500 4300 5200 5300 5000 5300 5800 4400 6600 5400 5900 5500 4500 5400 5100 5600 6000 4600 5700 6688 6100 5500 5200 4700 5800 6200 5600 4800 5300 5900 5700 6300 4900 5400 6000 5800 6400 5000 6100 5900 5500 6500 6200 6000 5600 5100 6300 6100 6600 5700 5200 6400 6200 6500 6687 6300 5300 5800 6600 6400 5400 5900 6500 5500 6000 6600 5600 6100 6688 5700 6200 5800 6300 5900 6400 6000 6500 6100 6600 6200 6688 6300 6400 6500 6600 6688 6689 Running Filter... 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1000 1100 1200 1300 1400 1500 1600 1700 1800 1900 2000 2100 2200 2300 2400 2500 2600 2700 2800 2900 3000 3100 3200 3300 3400 3500 3600 3700 3800 3900 4000 4100 4200 4300 4400 4500 4600 4700 4800 4900 5000 5100 5200 5300 5400 5500 5600 5700 5800 5900 6000 6100 6200 6300 6400 6500 6600 6688 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1000 1100 1200 1300 1400 1500 1600 1700 1800 1900 2000 2100 2200 2300 2400 2500 2600 2700 2800 2900 3000 3100 3200 3300 3400 3500 3600 3700 3800 3900 4000 4100 4200 4300 4400 4500 4600 4700 4800 4900 5000 5100 5200 5300 5400 5500 5600 5700 5800 5900 6000 6100 6200 6300 6400 6500 6600 6688 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1000 1100 1200 1300 1400 1500 1600 1700 1800 1900 2000 2100 2200 2300 2400 2500 2600 2700 2800 2900 3000 3100 3200 3300 3400 3500 3600 3700 3800 3900 4000 4100 4200 4300 4400 4500 4600 4700 4800 4900 5000 5100 5200 5300 5400 5500 5600 5700 5800 5900 6000 6100 6200 6300 6400 6500 6600 6687 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1000 1100 1200 1300 1400 1500 1600 1700 1800 1900 2000 2100 2200 2300 2400 2500 2600 2700 2800 2900 3000 3100 3200 3300 3400 3500 3600 3700 3800 3900 4000 4100 4200 4300 4400 4500 4600 4700 4800 4900 5000 5100 5200 5300 5400 5500 5600 5700 5800 5900 6000 6100 6200 6300 6400 6500 6600 6688 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1000 1100 1200 1300 1400 1500 1600 1700 1800 1900 2000 2100 2200 2300 2400 2500 2600 2700 2800 2900 3000 3100 3200 3300 3400 3500 3600 3700 3800 3900 4000 4100 4200 4300 4400 4500 4600 4700 4800 4900 5000 5100 5200 5300 5400 5500 5600 5700 5800 5900 6000 6100 6200 6300 6400 6500 6600 6688 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1000 1100 1200 1300 1400 1500 1600 1700 1800 1900 2000 2100 2200 2300 2400 2500 2600 2700 2800 2900 3000 3100 3200 3300 3400 3500 3600 3700 3800 3900 4000 4100 4200 4300 4400 4500 4600 4700 4800 4900 5000 5100 5200 5300 5400 5500 5600 5700 5800 5900 6000 6100 6200 6300 6400 6500 6600 6689 Length of filtered alignment: 484 Number of columns removed: 12941 Length of the original alignment: 13425 Number of sequences used to construct filter: 40128 Output File Names: fasta.filter fasta.filter.fasta mothur > quit